Закінчивши університет, Алла Олексіївна деякий час працювала вчителем історії в школі с. Прелесне Слов’янського району Донеччини, пізніше – старшим викладачем загальнонаукового факультету Харківського університету (у м. Горлівка). Паралельно, досліджуючи археологічні пам’ятки, проводячи розвідки, вона накопичувала матеріал для кандидатської дисертації «Городища лісостепової скіфії. Історія будівництва оборонних споруд, жител і господарських споруд в VII – ІІІ ст. до н.е.» яка була захищена 1969 р.
Алла Моруженко з 1970 р. починає викладати на кафедрі всесвітньої історії Донецького державного університету (нині Донецький національний університет імені Василя Стуса). З 1974 по 1975 рр. обіймала посаду завідувача кафедри всесвітньої історії, 1975 - 1991 рр. – керувала кафедрою археології, історії стародавнього світу та середніх віків, 1975 - 1980 рр. – займала посаду декана історичного факультету.
У 1973 р. А. О. Моруженко очолила секцію «Проблеми археології Донбасу» Ради Донецького наукового центру Академії наук України, була головою археологічної секції Донецького обласного відділення Українського товариства охорони пам’яток історії та культури.
За сприяння Алли Олексіївни, при кафедрі була створена дослідницька група та постійно діюча археологічна експедиція, яка впродовж 13 років проводила археологічні обстеження території Донецької області. Також, завдяки археологині поповнювався цікавими знахідками археологічний музей історичного факультету Харківського університету.
Під керівництвом А. О. Моруженко проводилися археологічні розкопки на скіфському поселенні та городищі Полкова Микитівка, курганах біля с. Городне, слов’янському поселенні Мерчик у Харківській області; скіфському поселенні та на кургані ранньоскіфського часу с. Лихачівка на Полтавщині. Протягом цих років було виявлено, розкопано, досліджено понад 200 курганів (переважно доби бронзи), знайдено чимало цікавих та рідкісних артефактів, одним з яких є комплекс предметів із сарматського кургану поблизу с. Чугуно - Крепинка.
Загалом, з 1977 по 1983 рр. експедицією Донецького державного університету на чолі з Аллою Олексіївною Моруженко досліджено 5186 кв. м. на багатошаровому поселенні в с. Лихачівка Полтавського (колишнього Котелевського) району. Знахідки представлені виробами із металу, кістки, каменю та глини. Частина колекції зберігалася у фондах музею - кабінету археології Донецького державного університету.
У 1988 р. А.О. Моруженко керувала розкопками курганів на правобережжі Міусу поблизу с. Зрубне та с. Передерієве Шахтарського району та одночасно проводила студентську археологічну практику. Саме під час розкопок Передерієвої Могили і був знайдений унікальний золотий шоломоподібний предмет із зображенням скіфських воїнів.
У 1990 р. Алла Олексіївна захистила докторську дисертацію, що присвячена населенню лісостепового межиріччя Дніпра і Дону скіфського часу. Також, у планах вченої було написання колективної монографії зі стародавньої історії Донеччини, але не судилося, бо 18 лютого 1991 року перестало битися серце відомої археологині.
А. О. Моруженко була дбайливим керівником, вимогливим викладачем, природженим дослідником, умілим організатором, автором понад 50 наукових робіт, які присвячені пам’яткам скіфського та сарматського часу, пам’яткам пізньої бронзи.
Література: Полідович Ю.Б. Пам’яті Алли Олексіївни Моруженко (до 80-річчя від дня народження). – С. 7 – 12 ; Пам’яті Алли Олексіївни Моруженко // Археологія. 1992. №4.– С. 66 – 67.