Утвердження радянської влади на початках 20-х рр. ХХ ст. супроводжувалося активним атеїстичним наступом: характерним було закриття храмів, вилучення мистецьких цінностей і культового майна. Релігійні пам’ятки часто ставали жертвою безглуздого руйнування та нищення, або, у кращому разі, їх намагалися використати для антирелігійної пропаганди. Церковні цінності на початку 1920-х рр. передавалися до музейних фондів, а музейні установи розглядалися більшовиками як інструменти ідеологічного впливу на маси, знаряддя пропаганди політики радянського режиму та потрапляли під тотальний контроль більшовицьких каральних органів.
Масштаби більшовицьких злочинних заходів були поширені на 9 071 церков, що функціонували в Україні на початку 1920-х рр., зокрема, у Полтавській губернії їх налічувалося 1 287. Цьому передували комплексні зміни в економічному, соціальному житті суспільства. Створювалася розгалужена система каральних органів, змінювався формат діяльності вже існуючих установ. Так, в Полтаві до 1919 р. земські установи були остаточно ліквідовані. У приміщенні де перебувало губернське земство та природничо-історичний музей також відбулися зміни. Музейна експозиція залишалась на третьому поверсі, а перші два поверхи зайняла новостворена адміністративна одиниця – Полтавський губраднаргосп. Зміна орієнтирів та націленість більшовиків використати музейні установи як пропагандистські осередки сприяло тому, що у липні 1920 р. було вирішено передати всю величезну палацову споруду для відкриття «Центрального пролетарського музею Полтавщини».
Одночасно на Полтавщині протягом квітня-червня 1922 р. проводилась кампанія з вилучення церковних цінностей. До складу повітових комісій з вилучення церковних цінностей було включено представників громадськості. Для визначення культурно-історичної цінності церковних реліквій запрошено експертів – директора Центрального пролетарського музею в Полтаві М. Я. Рудинського та завідувача історико-етнографічним відділом музею К. В. Мощенка. Їм вдалося домогтися від губвиконкому дозволу на передачу частини вилучених предметів із срібла вагою 132 кг до фондів музею. До Центрального пролетарського музею Полтавщини також було передано культові предмети XVІІ–ХІХ ст. забрані з Архиєрейської, тобто Покровської церкви в Полтаві. Серед них: українські візерунчасті килими, плащаниця, портрет невідомого архиєрея, ікони, чаші, потири, позолочений хрест, меблі, частини іконостаса роботи знаменитого сницаря і скульптора Сисоя Шалматова – царські врата, різьблені статуї, голови ангелів. Ці речі не мали для більшовицької держави сакральної вартості і були засобом для здобуття коштів, а також прикладом в ідеологічній пропаганді. І лише мистецтвознавці розглядали історичні коштовності, як релігійні, так і гетьманські з художнього погляду і докладали чималих зусиль для їх збереження.
Основною функцією музеїв Полтавщини стало обслуговування потреби пролетаріату й незаможного селянства в процесі будівництва соціалізму. На практиці ідея соціального музею втілювалися поспішно, без належної наукової апробації. Співробітники Центрального пролетарського музею Полтавщини вважали, що «ідея соціального музею недостатньо ясна, і цією ідеєю намагаються зробити музей примітивно-популярним кабінетом для ліквідації неписьменності». Фахівці музейної справи застерігали від загрози перетворення музеїв із науково-освітніх закладів у політпросвітницькі комбінати. Наслідком стало жорстоке переслідування співробітників музею у 1920-х рр. Чекісти писали доноси завідувачу народної освіти А. Фіалковському додаючи список «незадоволених» з їхніми характеристиками й «політфізіономіями».
Перетворюючись в осередок політмасової роботи Полтавський краєзнавчий музей, змушений був перебудували свою діяльність та експозицію відповідно до вимог системи. Антирелігійний кабінет, що був створений в Полтавському краєзнавчому музеї 1929 р., у 1930 р. був реорганізований в антирелігійний відділ, який проводив екскурсійну роботу по інших відділах.
Отже, з приходом більшовицької влади відбуваються значні зміни у діяльності музеїв. Не став винятком Полтавський краєзнавчий музей. Політичний натиск комуністичної влади на початку 1930-х рр. перетворив його на осередок пропаганди атеїзму. Завдяки працівникам музею у 1920-1930-х рр. вдалося відстояти та взяти на зберігання до фондів закладу значну кількість цінностей із місцевих церков.
