Після окупації Полтавщини фашистами у 1941 році, почалося відродження УАПЦ. Було створено єпархіальне Управління УАПЦ, Спаська, Покровська, Соборна при Христовоздвиженському монастирі та Сампсонієвська церкви відійшли у підпорядкування УАПЦ. Почалась висвята у священники до автокефальної церкви.
Але, як і по всій Україні, у Полтаві діяло дві церкви: Українська Автокефальна Православна Церква і Українська Автономна Церква, що вважала себе канонічно пов’язаною з Російською Православною Церквою. Між ними точилася вперта боротьба. Згодом, розібравшись у ситуації, німці почали підтримувати автономну церкву, бо автокефальна “… є завжди в самій суті пов’язана з самостійним державництвом”, а український самостійницький рух так само був ворожий фашистам, як і більшовикам.
З поверненням радянської влади УАПЦ на Полтавщині перестала існувати. Вище духовенство емігрувало, а нижче під загрозою репресій або залишило церковну діяльність, або ж перейшло у російське православ’я. Декого з діячів УАПЦ не минуло і нове ув’язнення.
Саме, як церковний діяч, у 1940-і роки починав і майбутній Патріарх Київський і всієї України Мстислав (Степан Скрипник), наш земляк, уродженець міста Полтава (10 квітня 1898 р.). 1942 року, після смерті дружини, він прийняв чернечий постриг і став єпископом УАПЦ в Україні. Його праця у складні роки окупації була спрямована на відродження Українського православ’я. На початку 1942 року Степан Скрипник надав допомогу Полтавському Єпархіальному управлінню у видавництві Єванагелія та Молитовника загальним накладом 50 тис. примірників. У липні 1942 року єписком Мстислав відвідав Полтаву і висвятив 20 кандидатів у священники, побував у Кременчуці, Лубнах, Хоролі, Миргороді. Однак ці подорожі тривали недовго. Окупаційна служба безпеки ретельно стежила за кожним кроком одного з найдіяльніших православних єпископів. Після підписання ієрархами УАПЦ 8 жовтня 1942 року у Почаївській Лаврі “Акта Поєднання”, що декларував зміцнення і офіційне визнання Української Автокефалії, єпископа Переяславського Мстислава заарештувала німецька влада. Його змусили виїхати спочатку до Житомира, потім до Києва, Чернігова, Прилук. Навесні 1944 року, відчуваючи переслідування і небезпеку, з наближенням фронту, майже вся ієрархія УАПЦ подалася в еміграцію до Західної Європи, а згодом до Північної Америки.
У повоєнні роки Степан Скрипник очолив УАПЦ в Канаді та США. Найбільшим його досягненням у ті часи вважається побудова “Українського Єрусалима”, або “Українського пантеону” в Бавнд-Бруці біля Нью-Йорка. Відтоді тут постав осередок всього життя УП Церкви США. Сюди було перенесено консисторію та інші духовні установи. У 50-х роках у Бавнд-Бруці постав величний храм – Церква-пам’ятник (арх. Юрій Кодак), а біля нього відкрито православний цвинтар, на якому знайшли вічний спочинок визначні українські діячі (колишні члени уряду УНР, вчені, письменники, митці, в тому числі й з Полтавщини: Андрій та Микола Левицькі, Нестор Городовенко, Микола Степаненко, Степан Лазуренко). До комплексу також увійшли: музей, бібліотека, архів, видавництво з власною друкарнею, українська православна семінарія Святої Софії.
З відродженням української державності митрополит Мстислав спрямовує всі свої сили та досвід на відновлення УАПЦ в Україні. Собор УАПЦ, який відбувався 5-6 червня 1996 року, обрав його Патріархом Київським і всієї України.
У ранзі патріарха Степан Скрипник відвідав свою малу батьківщину двічі: 2-4 травня 1991 року та 19-20 грудня 1992 року. Як писав протоієрей Микола Храпач: “Цей візит став великим і значним у відродженні Українського Православ’я на Полтавщині – було дано великий поштовх, стався прорив у свідомості багатьох, з’явилася віра у те, що Українська Церква – це реальність сьогодення, а для нас, активістів, свідомих вірних УАПЦ, він виявився великою підтримкою на подальшу працю”.
На жаль довести до кінця справу об’єднання церков в Україні, який віддав усе своє життя, патріарх так і не зміг. 11 червня 1993 року на 96-му році життя в місті Гремсбі (Онтаріо, Канада) він відійшов у вічність. Похований 23 червня 1993 року в храмі Святого апостола Андрія в Бавнд-Бруці (США).
“Об’єднання Православних Церков в Україні, як історична необхідність, щоб вижити і закріпити місце серед вільних народів світу, є можливим … ще й ще, мої дорогі земляки, діти й собраття во Христі, молю Вас і закликаю до братньої єдності та святого миру, заради Бога, Спасителя нашого, заради нашого багатостраждального народу, заради великомучениці Церкви і рідної її страдниці Матері-України”.
Патріарх Мстислав